Es muy frecuente que se produzca la confusión entre la zona de producción de vino y la comunidad autónoma ya que tienen el mismo nombre. Las zonas que contempla la Denominación de Origen Rioja están marcadas por la propia naturaleza, está delimitada por los accidentes geográficos y las características de los terruños. Esta denominación incluye zonas de tres provincias: La Rioja, Alava y Navarra. Casi toda la zona se encuentra en La Rioja, pero en la zona de Alava existe un gran número de bodegas y es que las fronteras políticas no cuentan para el Consejo Regulador. Es el clima y otras características del terreno las que marcan el tipo de vino que se elabora, existiendo muchas diferencias entre los vinos de una zona u otra dentro de la misma denominación. La Rioja Alta se encuentra en el noroeste de la comunidad autónoma riojana. La Rioja Baja está en el este, e incluye 42 municipios riojanos y los 8 municipios navarros adscritos a la denominación. Y la Rioja Alavesa es una zona histórica de Álava, ubicada en la frontera sur del País Vasco y separada de la Rioja Alta por el río Ebro.